ASP.NET 2.0 supporta diversi formati di markup, ma di default il suo valore fa sì che venga inviato markup XHTML 1.0 Transitional, che è una scelta più conservativa per chi si trova a dover migrare applicazioni dalla 1.1.
Tuttavia il vero XHTML comincia dalla versione 1.0 Strict (che grossomodo condivide diverse regole con la versione 1.1), per cui qualora vogliate usare questo markup all'interno del vostro sito è necessario modificare il web.config in questo modo:

<system.Web>
  <xhtmlConformance mode="Strict" />
</system.Web>

In più se avete bisogno di validare le vostre pagine con il servizio del W3C, è necessario aggiornare le definizioni dei browser, come specificato in questo post:
http://blogs.aspitalia.com/daniele/post1449/Validare-Pagine-ASP.NET-2.0-XHTML-Validator-W3C.aspx