Un tema in ASP.NET 2.0 può essere associato ad una pagina in modo dinamico direttamente nell'ambito dell'event handler dell'evento PreInit della pagina.
Infatti il runtime di ASP.NET carica le informazioni relative al tema subito dopo questo evento.

Il nome del tema può essere caricato utilizzando un controllo web (per esempio, una DropDownList ddlTheme). Dato che il view-state dei controlli in una pagina viene ripristinato solo dopo l'evento PreInit, occorre recuperare il nome del tema utilizzando l'oggetto Page.Request. Infatti, quando scatta l'evento PreInit , l'oggetto ddlTheme non è ancora stato aggiornato e quindi non contiene ancora la selezione del tema.

void Page_PreInit(object sender, EventArgs e) 
{ 
    string currentTheme = "Default"; 
    if(Page.Request["ddlTheme"] != null) 
        currentTheme = Page.Request["ddlTheme"].ToString(); 
    this.Theme = currentTheme; 
} 

Per una trattazione più approfondita dei Themes, si veda:
Master Pages, temi e controlli standard in ASP.NET 2.0
https://www.aspitalia.com/articoli/asp.net2/masterpages_themes.aspx